Day-3 Linux环境下安装软件

安装miniconda

1.进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

2.选择Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，右键复制链接

3.登录服务器，进入拟安装目录

4.运行wget 复制的链接

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

5.运行bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，开始安装

6.激活condasource ~/.bashrc

7.命令行输入conda，出现conda介绍信息，说明安装成功

8.安装镜像：全部复制粘贴并运行

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda安装软件

1.查看所有软件列表conda list

2.安装软件conda install 软件名称 -y，如conda install fastqc -y

指定软件版本号：conda install fastqc=0.11.7 -y

3.输入fastqc --help，出现软件帮助文档，即安装成功

创建不同环境

1.查看当前环境conda info --envs （*表示当前激活的环境）

(base) bio04@ecm-cefa:~/biosoft$ conda info --envs
# conda environments:
#
base                  *  /home/bio04/miniconda3

2.建立一个名叫rna-seq的conda环境，指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

3.激活新的环境conda activate rna-seq，查看当前环境conda info --envs，可见*转移至rna-seq前

# conda environments:
#
base                     /home/bio04/miniconda3
rna-seq               *  /home/bio04/miniconda3/envs/rna-seq

4.输入fastqc，出现大段信息提示该软件已安装并可使用

5.退出当前环境conda deactivate