DAY3-Linux环境下的软件安装

原创

用户11039705

发布于 2024-03-24 20:09:54

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发布于 2024-03-24 20:09:54

conda介绍

Conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，主要用于Python程序，但也可以用于其他编程语言。它能够跨平台运行，支持多种操作系统，如Linux、OS X和Windows。Conda主要用于安装和管理软件包及其依赖关系，可以在不同环境中轻松切换，使得软件包的安装和管理更加方便。

Anaconda是Conda的一个发行版，包含了Python、conda和其他180多个科学包及其依赖项。它是一个全功能的Python发行版本，特别适合数据科学和机器学习领域。由于包含了大量的科学包，Anaconda的安装包相对较大。

Miniconda是Conda的另一个发行版，是一个轻量级的版本。它只包含conda和其他几个基础包，相对于Anaconda来说更加轻便。Miniconda适合那些只需要基础功能的人，特别是那些没有大量数据科学需求的人。

常用的Conda命令包括创建虚拟环境（conda create）、列出虚拟环境（conda env list）、删除虚拟环境（conda remove）和查询conda信息（conda info）等。

conda安装

找出虚拟镜像（https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/）选择latest 64位,复制链接

bio07@ecm-cefa:~/biosoft$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh    #从网络下载一个文件并保存在当前目录中（biosoft），sh代表为一个脚本
bio07@ecm-cefa:~/biosoft$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  #安装脚本文件
bio07@ecm-cefa:~/biosoft$ source ~/.bashrc conda   # source~/.bashrc 代表该文件包含专用于你的bash shell的bash信息,当登录时以及每次打开新的shell时,该该文件被读取。

添加镜像

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

conda 使用

1.安装软件

(base) bio07@ecm-cefa:~/biosoft$ conda install fastqc -y    #install，在当前环境下安装某个程序包，-y是yes，安装过程中conda问题全部回答yes
(base) bio07@ecm-cefa:~/biosoft$ fastqc --help    #--help检查软件是否安装成功

2.conda 环境

(base) bio07@ecm-cefa:~/biosoft$ conda info --envs    #查看当前运行环境
#conda environments:
#
base                  *  /home/bio07/miniconda3   #只有一个运行环境

(base) bio07@ecm-cefa:~/biosoft$ conda creat -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y    #创建新的环境ran-seq,并在该环境下下载Python，fastqc,trimmomatic软件

(base) bio07@ecm-cefa:~/biosoft$ conda info --envs  #在此查看环境时可以发现多了rna-seq的环境，但此时并未激活
#conda environments:                                              
#                                                                  
base                  *  /home/bio07/miniconda3                    
rna-seq                  /home/bio07/miniconda3/envs/rna-seq  
(base) bio07@ecm-cefa:~/biosoft$ conda activate rna-seq  #激活rna-seq环境
(rna-seq) bio07@ecm-cefa:~/biosoft$ fastqc     #可以看到命令前缀变为rna-seq            
(rna-seq) bio07@ecm-cefa:~/biosoft$ conda deactivate    #从该运行环境中退出
(base) bio07@ecm-cefa:~/biosoft$

原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。

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