生信学习小组Day2笔记-Chocolate Ice

Linux简介

Linux与windows和Mac一样，是一个操作系统（OS）。但区别于windows和mac的图形界面，linux的操作靠命令行来实现。这样可以节约资源，方便批量、高效地处理文件，满足大数据分析的要求。因而Linux系统受到了广大生信研究者的青睐。

目录与路径概念在Linux系统中很重要。Linux中的目录相当于windows的文件夹，而路径就是目录的层级位置，比如，home目录下有个biosoft，那么biosoft的路径就是/home/biosoft。 ------微信公众号：生信星球

召唤Linux

接触使用Linux有多条途径。可以在个人电脑上安装Linux系统，但对于电脑的配置有要求，也可以通过本地服务器或者云服务器使用Linux。服务器与电脑相互独立，电脑的配置不会影响服务器的使用，服务器上的操作也不会影响到个人电脑。

1. 个人电脑的Linux

• Windows10 （1）设置-更新和安全-针对开发人员-启用开发人员模式 （2）控制面板-控制面板-程序-启用或关闭windows功能-适用于Linux的windows子系统 （3）重启电脑 （4）下载ubuntu （5）启动ubuntu 和用户设置 （6）更新：输入sudo apt update，完成后输入sudo apt upgrade
• Mac 不需要安装任何东西，自带terminal，直接使用；或者使用界面更好看的iterms

2. 本地服务器的Linux

实验室有服务器可以直接使用，登陆方法同云服务器

3. 云服务器的Linux

登陆方式：

• Windows (1)下载xshell软件 (2) 流程参考https://www.jianshu.com/p/8a340b103a41
• Mac 直接在terminal页面操作：输入“ssh 用户名@ip地址”

Linux的基本操作

用tab键（键盘上q前面那个）可以补齐命令和文件名称，比如你想写huahua.txt，可以打出hua，按tab键，只要文件在当前目录下，文件名称就是可以自动补齐的，可避免代码拼写错误。------微信公众号：生信星球

1. pwd

pwd: print working directory

作用：pwd显示当前路径

示例：

image.png

2. mkdir

mkdir: make directory

作用：mkdir tmp创建名为“tmp”的空目录

示例：

image.png

3. ls

ls: list

作用：ls显示所在目录内的子目录/文件列表

示例：

image.png

4. rm

rm: remove

作用：删除目录或文件

（1）rm file1: 删除file1文件

（2）rmdir tmp: 删除空目录"tmp" # rmdir: remove directory

（3）rm-r tmp2: 删除非空目录"tmp2" # -r：recursive，递归

（4）rm-rf tmp2: 不需提示的强制删除"tmp2 #-f：force，强制

示例：

image.png

5. cd

cd: change directory

作用：进入某一目录

（1）cd tmp: 进入tmp目录

（2）cd -: 返回刚才目录

（3）cd cd~: 回到主目录

示例：

image.png

6. vi

vi: visual interface

作用：新建脚本文档或者文本文档，并打开编辑

（1）vi file1: 新建文件，命名为file1 #自动打开编辑界面

（2）输入英文 i 键，进行输入

（3）按 Esc 键，退出编辑模式

（4）退出编辑后左下角键入 :x，保存并退出

7. cat

cat: concatenate

作用：连接文本文件内容，输出到屏幕

（1）cat file1：输出file1文件全部内容

（2）head file1：默认输出file1文件前10行

（3）tail file1：默认输出file1文件后10行

（4）head -n 3 file1：输出file1前3行 #head -n 数字 文件名

示例：

image.png

8. cp

cp: copy

作用：复制文件

（1）cp file1 file2：复制file1，命名为file2

示例：

image.png

9. mv

mv: move

作用：将文件移入文件夹，或者重命名

（1）mv file1 ~/tmp: 将file1文件移入home/tmp目录下 #mv 文件名 路径

（2）mv file1 file2: 将file1重命名为file2

示例：

image.png

image.png

Day2总结

image.png