利用R包“ggvenn”快速绘制韦恩图(Venn Diagram)
利用R包“ggvenn”快速绘制韦恩图(Venn Diagram)
韦恩图（Venn diagram）是一种能直观展示不同数据集之间的集合关系的图，常见的集合运算主要包括：交集（intersection），并集（union）和补集（complement）。在R语言中，有很多R包可以实现韦恩图的绘制，米老鼠在这里推荐“ggvenn”和“ggVennDiagram”这两个R包，它们都是基于ggplot2的绘图系统，和其它ggplot2绘制的图兼容性好，这里主要介绍“ggvenn”这个R包的用法。
这里假定我们有两个基因集，并且想展示这两个基因集的共同基因和不同基因，具体代码如下：
install.packages("ggvenn") #安装ggvenn包
library(ggvenn) #加载ggvenn包
gene_set1 <- c("BIRC3","JUN", "FOS", "MAP3K14",
"MAP3K8","CREB5", "CCL2", "CCL20",
"CXCL1", "CXCL3","CXCL5") #输入第一个基因集
gene_set2 <- c("FOS","FOSB", "JUN", "JUND",
"FOSL1","TNFAIP3", "CXCL1", "CXCL3",
"CXCL5", "CXCL8","CXCL10") #输入第二个基因集
base::intersect(gene_set1, gene_set2) #获取两个基因集的交集
#[1] "JUN" "FOS" "CXCL1" "CXCL3""CXCL5"
union(gene_set1, gene_set2) #获取两个基因集的并集
#[1] "BIRC3" "JUN" "FOS" "MAP3K14""MAP3K8" "CREB5" "CCL2"
#[8] "CCL20" "CXCL1" "CXCL3" "CXCL5" "FOSB" "JUND" "FOSL1"
#[15] "TNFAIP3""CXCL8" "CXCL10"
setdiff(gene_set1, gene_set2) #获取gene_set1减去gene_set2的差集
#[1] "BIRC3" "MAP3K14" "MAP3K8" "CREB5" "CCL2" "CCL20"
setdiff(gene_set2, gene_set1) #获取gene_set2减去gene_set1的差集
#[1] "FOSB" "JUND" "FOSL1" "TNFAIP3" "CXCL8" "CXCL10"
a <- list(`Gene Set 1` = gene_set1,
`Gene Set 2` = gene_set2) #将基因集变成列表变量
p1 <- ggvenn(a, show_elements = TRUE,fill_color = c("white", "white"),
label_sep = "\n", stroke_size = 1.5,set_name_size = 5,
text_size = 3)
p1
实际上，ggvenn包使用起来非常简单，它最主要的就是ggvenn()函数，该函数的参数比较丰富，主要包括如下内容：
（1）data：用于绘制韦恩图的数据集，可以是数据框，也可以是列表；
（2）columns：针对数据框，可以提取特定的列绘图；
（3）show_elements：是一个逻辑参数，默认值是FALSE，表示是否把数据集的元素展示出来，在实例中也就是表示是否展示基因名；
（4）show_percentage：是一个逻辑参数，默认值是TRUE，表示是否展示重叠元素的比例，用百分数表示；
（5）digits：是一个数值型参数，默认值是1，表示小数点位数;
（6）fill_color：表示填充颜色，默认值是c("blue","yellow", "green", "red")；
（7）stroke_color：表示圆形边框颜色，默认值是"black"；
（8）stroke_size：表示圆形边框的粗细，默认值是1；
（9）set_name_color：表示不同数据集名称的文本颜色，默认值是"black"；
（10）set_name_size：表示不同数据集名称的文本大小，默认值是6；
（11）text_color：表示不同数据集里元素的文本颜色，默认值是"black"；
（12）text_size：表示不同数据集里元素的文本大小，默认值是4；
（13）label_sep：表示数据集里元素的分割符号，默认值是 ","，但建议改为”\n”。
p2 <- ggvenn(a, show_elements = FALSE,fill_color = c("white", "white"),
label_sep = "\n", stroke_size = 1.5,set_name_size = 5,
text_size = 3)
p2
在这里，我们将参数show_elements设置为FALSE后，结果里展示的就是重叠的百分比。
cowplot::plot_grid(p1, p2) #将图1和图2合并起来
关于韦恩图的简单绘制就讲到这里，有兴趣的小伙伴可以学学“ggVennDiagram”这个包。