人鼠基因转换之首字母大写
很久以前我在《生信技能树》分享过教程，如果你处理的是小鼠的基因芯片表达矩阵，最后做gsea等分析要对生物学数据库注释，发现绝大部分数据库都是人类的基因名字，有一个取巧的方法是把基因名字修改一下，如下所示：
[1] "PTPRC" "EPCAM" "MME" "CD3G" "CD3E" "CD68" "CD79A"
[1] "Ptprc" "Epcam" "Mme" "Cd3g" "Cd3e" "Cd68" "Cd79a"
居然有些人就开始指责我的教程，说这样误导大家了，不同物种的基因对应关系是有相应的同源基因数据库的，不能仅仅是把基因名字修改。让我很无语，难道我不知道可以严谨一点吗？
回归教程本身，人鼠基因转换之首字母大写在R语言的师兄，本着不想自己去造轮子的心态，搜索了一下：
https://stackoverflow.com/questions/6364783/capitalize-the-first-letter-of-both-words-in-a-two-word-string
发现了好多解决方案
后来我采用了 stringr 包的 str_to_title函数：
library(stringr)
genes_to_check = c("PTPRC","EPCAM", 'MME',"CD3G","CD3E", "CD68", "CD79A")
genes_to_check
genes_to_check=str_to_title(genes_to_check)
genes_to_check
大家也可以选择Hmisc包的capitalize函数，代码如下：
library(Hmisc)
genes_to_check = c("PTPRC","EPCAM", 'MME',"CD3G","CD3E", "CD68", "CD79A")
genes_to_check
capitalize(tolower(genes_to_check))
解决方案实在是太多了：The package BBmisc now contains the function capitalizeStrings.
甚至可以自己造轮子，那就是作为一个学徒作业！
使用R语言基础函数，自己创造一个人鼠基因名字转换工具！
本文参与 腾讯云自媒体分享计划，分享自微信公众号。
原始发表：2021-01-22，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
评论
登录后参与评论
推荐阅读
相关产品与服务
数据库
云数据库为企业提供了完善的关系型数据库、非关系型数据库、分析型数据库和数据库生态工具。您可以通过产品选择和组合搭建，轻松实现高可靠、高可用性、高性能等数据库需求。云数据库服务也可大幅减少您的运维工作量，更专注于业务发展，让企业一站式享受数据上云及分布式架构的技术红利！