SCPattern||鉴定单细胞数据不同时间点的表达模式

生信编程日常

发布于 2020-12-07 15:15:28

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发布于 2020-12-07 15:15:28

SCPattern是一种基于经验贝叶斯方法来鉴定不同时间点的单细胞RNA-seq（scRNA-seq)数据表达模式，将其转化为表达模式（例如，Up-Up-Up-Up，Up-Up-Down-Down等。使用方法如下：

install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("lengning/SCPattern/package/SCPattern")

加载数据

 data(SCPatternExData)

模拟5个时间点的数据

CondVector <- rep(paste("t",1:5,sep=""),each=60)
Conditions <- factor(CondVector, levels=c("t1","t2","t3","t4","t5"))

对每个细胞进行标准化

Sizes <- MedianNorm(SCPatternExData,alternative = TRUE)
 DataNorm <- GetNormalizedMat(SCPatternExData, Sizes)

计算基因的表达模式

 res.multi <- SCPTest(SCPatternExData, CondVector, Sizes)

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