问parameter：rMATS readLength必须一致？

提问于 2019-04-10 18:22:17

回答 0关注 0查看 301

您好，我想问一个小问题，就是rMATS的输入文件是bam或者fq文件，有一个参数是readLength，是不是就是要求我的read不能是trim之后的，必须是长度一致的raw data？奇怪的是我给的是质控后fq文件（36-150bp），readLength我给的是150.软件没有报错，但是输出结果中，所有的SkipFormLen 都是149. 而在JC文件和JCEC文件中，同一个事件的IncFormLen也不一样～这是为什么呢？非常感谢您能回答的问题，期待您的回复